Né le 12 juin 1812 à Villefargeau (Yonne) dans une famille paysanne peu aisée, ce qui contribua à rendre difficiles et méritoires ses études, tant au collège d’Auxerre que lors de sa préparation au concours d’École normale supérieure à Paris, Edmond Hébert intégra en 1833 cette école où il fut successivement préparateur, répétiteur et sous-directeur. Tout en préparant une agrégation (où dominent les mathématiques), il mena d’importants travaux de géologie sur le Bassin de Paris, aboutissant à un ouvrage capital en 1851, puis à sa thèse de doctorat ès-sciences en 1857, portant sur la faune des premiers sédiments tertiaires. Il fut alors nommé professeur de géologie à la Sorbonne, occupant la chaire créée seulement en 1847, dans cette période où naît et s’approfondit l’enseignement de la géologie, nouvelle discipline qui s’affirme au sein des sciences naturelles. Il a travaillé essentiellement sur le Bassin Parisien au Secondaire et au Tertiaire, où il définit une série d’allers et retours de la mer, et dont il reconstitue les rivages successifs et leur déplacement. C’était un stratigraphe attaché à la classification des terrains sédimentaires, s’opposant aux théories catastrophistes, et adoptant la méthode de « l’actualisme » pour expliquer des phénomènes ayant régi la mise en place des fonctions géologiques. On lui doit la première démonstration de la possible variation de faciès au sein d’une série bien datée. Membre de l’Académie des sciences en 1877, commandeur de la Légion d’honneur, trois fois président de la Société géologique de France, membre fondateur du Congrès géologique international, doyen de la Faculté des sciences de 1886 à 1889, il représente bien l’image d’un grand « patron » scientifique à la Sorbonne, contribuant particulièrement au rayonnement de la chaire de géologie de Paris. Il a joué un rôle essentiel dans l’installation des locaux de la nouvelle Sorbonne inaugurée en 1889. La Galerie Richelieu, entre la rue Victor-Cousin et la rue Saint-Jacques, garde le souvenir de l’amphithéâtre, de la Bibliothèque et de la salle de collection du vénérable laboratoire de géologie utilisé jusqu’au déménagement à la Halle aux Vins Jussieu en 1970. Il est décédé le 4 avril 1890, environné d’honneurs et provoquant maints hommages, dus à « un des plus éminents géologues de France ».

Gustave-Honoré Cotteaut, "[Décès de M. Hébert], Bulletin de la Société des sciences historiques et naturelles de l'Yonne, 44e vol., 1890, 2e partie, Sciences physiques et naturelles, p. XXII-XXIV.