Louis, Simon, Étienne, Hugues, dit « Stéphen » Morelot naquit le 12 janvier 1820 à Dijon. Il fit ses études à la faculté de droit où son père était professeur et délaissant la carrière d’avocat, il entra à l’École des chartes (1845). À Paris, tout en suivant des études musicales approfondies, cet élève de l’organiste Boëly montra un talent certain d’improvisateur, de compositeur et une grande érudition : outre les langues et les littératures espagnole et italienne, il avait étudié le grec et l’hébreu et était devenu un éminent spécialiste de musique sacrée.
Entre 1845 et 1852, il participa à la rédaction de la Revue de la musique religieuse, populaire et classique (1845-1848) de Félix Danjou, organiste de Notre-Dame de Paris. En 1847, il partit avec lui en Italie : en moins d’un an, il transcrivit nombre de traités et de partitions de musique médiévale inédites qui seront abondamment utilisés par ses collègues, notamment Edmond de Coussemaker (Histoire de l’harmonie au Moyen-Âge). Au retour, Danjou découvrit le Tonaire de Saint-Bénigne de Dijon, manuscrit du XIe s. à double notation, permettant enfin le déchiffrage des neumes non lignés. Morelot fut acteur à part entière de cette avancée majeure pour la restauration du chant grégorien.
Elle ouvrit la voie aux bénédictins de Solesmes : en 1850 il publiera une dissertation remarquée sur le rite ambrosien. Dès 1848, il est membre de la Commission des arts et édifices religieux où son expertise d’organiste s’exerce sur la restauration des instruments (Dijon, Le Puy-en-Velay). Il revint s’établir à Dijon en 1852, associé résidant de la commission des antiquités de la Côte-d’Or. Il publia une savante « Notice sur un manuscrit de musique ancienne de la bibliothèque de Dijon » (Ms 295) ; cet ouvrage identifie des compositions du XVe s. de Dunstable, Ockeghem, Binchois (Mémoires, t. 4, 1853-1856, p. 133-160).
En octobre 1858, il entra au séminaire à Rome, y fut ordonné prêtre en 1860 et reçu bachelier en droit canonique. Il devint membre de la prestigieuse Académie et congrégation pontificale de Sainte-Cécile en qualité de maître honoraire de la classe des compositeurs ; il composa alors un Sanctus et un Agnus dans le style de Palestrina. En 1861, un voyage en Orient lui permit d’étudier la musique byzantine.
Prêtre habitué du diocèse de Dijon, il fut nommé aumônier des Petites Sœurs des Pauvres en 1865 et en 1867 ; il devint gérant de la Chronique religieuse du diocèse de Dijon puis directeur jusqu’en 1886 ; ces charges assez modestes lui permirent de publier et de poursuivre son œuvre érudite. Il fut fait chanoine honoraire en 1885. Auteur de nombreux articles sur les mécanismes de l’orgue, l’accompagnement du plain-chant et les cantiques populaires, Stéphen Morelot figure parmi les pionniers du mouvement de renouveau du chant liturgique. Il accompagna la refondation de la Maîtrise cathédrale de Dijon en 1894.
Il continua d’écrire et de composer jusqu’à son dernier souffle, le 7 octobre 1899, à Beaumont-sur-Vingeanne. Avec Maurice Emmanuel, on ne peut que regretter de ne pas connaître les études manuscrites du chanoine Morelot, bien oublié aujourd’hui…
François-Joseph Fétis - Biographie universelle des musiciens et bibliographie générale de la musique, t. 6, Firmin-Didot, 1867, p. 194-196 ; - René Moissenet - « Nécrologie ; M. le chanoine Stéphen Morelot », Semaine religieuse du diocèse de Dijon, n° 42, 21 octobre 1899, p. 660-662, n° 43, 28 octobre 1899, p. 682-683.