Jean, fils de Claude Pagot, boulanger et de Marguerite Curez son épouse, est né à Dijon le 27 avril 1916. Après des études au lycée Carnot et à la Faculté des sciences de Dijon, il est reçu à l’École vétérinaire d’Alfort et il suit le « Grand cours » de l’Institut Pasteur à Paris.
Le 2 octobre 1940, il épouse Jeannine Carre. Lors d’un premier séjour au Niger de 1942 à 1946, il se rend compte de l’importance de la pathologie animale. Au Mali, à Bamako entre 1947 et 1949 puis au Centre fédéral de recherches zootechniques de Sotuba, près de Bamako, il travaille à la fabrication et à l’utilisation du vaccin capripestique, puis à l’élevage. De retour en France, il est employé à l’ORSTOM et prépare un diplôme de génétique animale. Il retourne à Sotuba de 1951 à 1959 et s’intéresse à la zootechnie. Revenu en France de 1959 à 1962, il est affecté au ministère de la Coopération et crée le bureau de la recherche scientifique. Il devient en 1962 directeur de l’Institut d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux (IEMVT) qu’il quittera en 1973 après avoir été nommé, en 1967, vétérinaire-inspecteur-général. Il avait compris très vite que cet Institut tire sa force de sa pluridisciplinarité et que la science de l’élevage nécessite de multiples savoirs (pathologie, alimentation, zootechnie botanique etc.). Homme de science et de terrain il veut concrétiser sa vision internationale de la mission de l’IEMVT. En 1962, les modalités d’intervention auprès des États africains doivent changer et l’IEMVT va gérer quelques laboratoires et des centres de formation mais aussi assurer leur transfert aux nouvelles autorités.
En 1976, il est élu membre correspondant de l’Académie des sciences d’Outremer et prend sa retraite à Antibes. Il poursuit ses travaux en assurant la direction de la série « élevage » des Techniques agricoles et productions tropicales et écrit le tome « L’Élevage en pays tropicaux ». Il n‘en verra pas la version imprimée car il décède le 25 octobre 1982 à Antibes. Il est enterré au cimetière de Talant (Côte d’Or).
Jean Tribouillard, « Pagot », Le Bottin du Tout-Dijon, Dijon, Cléa, 2012, p.763-764 ; - Sylvie Daumal, Autrefois l’élevage : l’Institut d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 1920-1993, CIRAD, 1996, 150p.