Jean-Baptiste Auguste Chauveau est né le 21 novembre 1827 dans l’Yonne, à Villeneuve-la-Guyard, petite localité proche de Montereau. Son père était maréchal-ferrant. Chauveau après des études au petit séminaire d’Auxerre, ne va pas jusqu’au baccalauréat, mais il est admis en 1844 à l’École vétérinaire d’Alfort. Son ardeur au travail et son habileté dans les dissections le font remarquer par Henry Bouley, auquel il succédera 40 ans plus tard. Il sort premier de l’École en 1848. Il obtient alors un poste d’enseignant à l’École vétérinaire de Lyon.
Il publie en 1855 le Traité d’anatomie comparée des animaux domestiques qui fut pendant 60 ans un livre de base dans les écoles vétérinaires, traduit en anglais et en italien, plusieurs fois réédité. Il est en 1863 le premier titulaire de la chaire de physiologie de cette école. En 1867, il épouse Sophie Clotilde Buffard qui lui donne quatre enfants dont Léopold (1870-1940) qui sera chirurgien et illustrateur. Il devient le directeur de l’École vétérinaire de Lyon en 1875. Après l’obtention d’un doctorat en médecine, en 1878, il devient professeur de médecine comparée à la Faculté de médecine de Lyon. Correspondant à l’Académie des sciences de Paris dans la section de médecine et chirurgie, il devient membre de l’Académie le 19 avril 1886 dans la section d’économie rurale.
Sa collaboration avec les médecins J. Faivre et J.E Marey lui permet de mettre au point des techniques d’exploration de la fonction cardiaque très performantes. Il faudra attendre plus de 70 ans pour que ces techniques soient utilisées chez l’homme. Il publie des travaux remarqués en neurophysiologie et en microbiologie, faisant de lui l’un des précurseurs méconnus de la théorie moderne de la vaccination. Il se penche sur la vaccine et la variole, le charbon bactérien (anthrax), la tuberculose, la septicémie gangréneuse et la fièvre puerpérale.
Il quitte Lyon pour Paris en 1886, succédant à Henry Bouley comme inspecteur général de l’enseignement vétérinaire et comme professeur au Muséum d’histoire naturelle de Paris. En 1906, il devient vice-président puis président en 1907 de l’Académie des sciences, succédant ainsi à Henri Poincaré. Auguste Chauveau prend sa retraite en 1911 mais il est élu président de l’Académie nationale de médecine. Il continue ses travaux jusqu’à sa mort le 4 janvier 1917 à Paris.