À la fin de décembre 1119, le pape Callixte II vient passer les fêtes de Noël près de sa sœur, Ermentrude de Bar, qui réside alors à Autun. Issu de la maison de Bourgogne, le souverain pontife aurait suscité la cession à l’Église d’Autun par son neveu, le duc Hugues II, du terrain nécessaire à l’édification d’une nouvelle église destinée à abriter les reliques réputées de saint Lazare, transférées de Marseille à Autun, le 1er septembre 972. Impulsés par l’évêque Étienne de Bâgé (1112-1139), comme le pape très lié à Cluny, les travaux semblent suffisamment avancés en 1130 pour qu’Innocent II, couronné à Autun à Noël, consacre la nouvelle église le 28 décembre. Ils sont pratiquement achevés le 20 octobre 1146, lorsqu’on y installe le corps du ressuscité de Béthanie autour duquel va s’organiser un nouveau pèlerinage que favoriseront les ducs de Bourgogne jusqu’à la fin du Moyen Âge.
Retenant les formules inaugurées lors de la construction de la major ecclesia à Cluny, l’architecture de ce nouveau monument autunois est magnifiée par l’œuvre sculpté de l’atelier du fameux Gislebert qui a signé sa composition sous les pieds du Christ du Jugement Dernier au tympan du portail nord. Augmentée en 1178 d’un porche au-devant de ce dernier, l’église va, en 1195, être associée aux fonctions de cathédrale, recevant les offices canoniaux de Pâques à la Toussaint.
Très modifiée dans ses parties hautes au cours des années 1470 par le cardinal Rolin, augmentée de chapelles latérales flamboyantes, la nouvelle cathédrale finira par supplanter totalement Saint-Nazaire, son aînée, en 1720. Amputée d’éléments majeurs de son décor roman et gothique lors de travaux d’embellissement dans les années 1760, traversant sans trop de heurts la Révolution, Saint-Lazare va être l’objet d’importantes restaurations durant les deux derniers tiers du XIXe siècle, avant de traverser calmement le siècle dernier (le réaménagement intérieur du chœur excepté en 1937). Depuis 1993, l’État, son propriétaire, a consacré près de vingt millions d’euros à sa totale restauration qui s’achève opportunément en 2020 où elle fête le neuvième centenaire de sa naissance. De très nombreuses manifestations d’initiative ecclésiale, associative ou municipale ponctueront le cours de cette année.