La loi d’orientation du 5 avril 1960 (loi Pisani) crée les Sociétés d’aménagement foncier et d’établissement rural dont l’objectif est la réorganisation des exploitations dans le cadre d’une agriculture plus productive tout en installant des jeunes agriculteurs. La loi de 1962 les dote du droit de préemption, ce qui conduit les notaires à leur adresser la notification de toute vente supérieure à un hectare. Sociétés anonymes à caractère professionnel placées sous contrôle de l’Etat, accompagnées de deux commissaires du Gouvernement (Agriculture et Trésor public), elles sont sans but lucratif.

En Bourgogne, le 2 mars 1962, sous l’impulsion des professionnels de l’agriculture, notamment Roger Rémond, agriculteur, Président de la Fédération des syndicats agricoles et du Centre d’économie rurale, maire de Quetigny, huit représentants des Chambres d’agriculture, du syndicalisme jeune et aîné de la Côte-d’Or, de la Nièvre et de l’Yonne (la Saône-et-Loire, après avoir opté pour une structure départementale, les rejoindra en 1987) se réunissent pour constituer un conseil, rassembler un capital, rédiger des statuts, adoptés le 11 juin 1963 par l’assemblée extraordinaire des actionnaires qui élit R. Rémond Président directeur général : il sera très présent et attentif pendant trente ans.

La loi du 23 janvier 1990 confie aux Safer le développement rural, la protection de la nature et de l’environnement. Celle du 9 juillet 1999 élargit encore les missions. Parallèlement, le Conseil régional et les conseils généraux entrent au Conseil d’administration et au capital de la Safer qui accompagnera les collectivités dans leur politique d’aménagement rural. Ces dernières disposent, dès juin 2005, du tiers des voix. Enfin, lors de l’assemblée générale du 28 juin 2011, les SAFER de Bourgogne et de Franche-Comté décident de s’unir, de tisser des liens plus forts encore avec les Chambres d’agriculture et les organismes intervenant dans la maîtrise du foncier et l’environnement dans l’ensemble rural mais aussi dans le tissu urbain (par exemple, collaboration avec l’Etablissement public foncier mis en place par le Grand Dijon).- AM