Né le 12 mai dans une famille profondément chrétienne, il fait ses études au Petit séminaire de Flavigny, puis au Grand séminaire de Dijon, où il est l’élève du chanoine Maurice Chaume. Appelé au service du travail obligatoire (STO), il séjourne en Autriche. Mais les autorités allemandes le renvoient en France et il entre dans la Résistance. Ordonné prêtre le 23 décembre 1945, il est d’abord vicaire à Meursault puis à Jailly-les-Moulins et curé d’Hauteroche. De 1953 à 1986 il est professeur d’histoire à l’école Saint-François de Sales de Dijon, puis au lycée Notre-Dame. La qualité de ses cours, ses connaissances étendues et ses dons pédagogiques ont développé chez ses élèves un vif intérêt pour l’histoire, dont plusieurs ont fait leur métier. Il avait complété sa formation par la licence obtenue à la faculté des lettres de Dijon.
Jean Marilier a aussi été un chercheur très actif et fécond. Érudit rigoureux, il s’est surtout spécialisé dans le Moyen Âge et particulièrement le Haut Moyen Âge. Dès 1950, il avait réalisé une édition des chartes de l’abbaye de Cîteaux. Suivront celles de chartes de l’abbaye de Flavigny puis des chartes de Saint-Bénigne de Dijon. Il est l’auteur de très nombreux articles de revue et de monographies, puis d’une synthèse, Histoire de l’Église en Bourgogne parue en 1991 après son décès.
À son enseignement et à ses recherches, il a ajouté de nombreuses fonctions dans lesquelles sa compétence et son dévouement ont été précieux : conservateur départemental des antiquités et objets d’art de 1970 à 1986, membre très actif de la commission régionale et du comité départemental de l’Inventaire, il fut à l’origine du Musée d’art sacré de Dijon. Membre résidant de l’ Académie des sciences, arts et belles-lettres de Dijon, il y a assumé la fonction de bibliothécaire. Sa compétence en héraldique faisait de lui un conseiller écouté dans ce domaine.
Toutes ces activités ne l’ont pas empêché de rester un prêtre très attaché à son diocèse : conseiller des évêques en matière liturgique, archiviste de l’évêché. Il est nommé chanoine titulaire en 1970 et vice-doyen du chapitre en 1985. Il est décédé à Dijon le 28 juin 1991.
Mémoires de l’Académie des sciences, arts et belles-lettres de Dijon, t. 132, 1991-1992, p. 113-138, articles de Jean Richard, Yves Beauvalot, Bernard Sonnet, Pierre et Catherine Gras ; Archives du diocèse de Dijon.