Mariotte est, selon toute vraisemblance, né en Bourgogne vers 1620. Il a été certainement au prieuré de Saint-Martin à Beaumont-sur-Vingeanne qu’il possédait en commende et à Dijon puisque la lettre où il annonce la découverte de la tache aveugle est datée de Dijon 1668. Mais fut-il ordonné prêtre ? On l’ignore.
Le nom de Mariotte est associé à celui de Boyle pour une loi, établie avec une légère antériorité par Boyle, mais de façon indépendante : « À température constante, le produit de la pression P d’une masse donnée d’un gaz parfait par son volume est constant. » Les œuvres complètes de Mariotte comportent une multitude de publications aux sujets les plus divers. Par exemple, Un traité de la circulation du suc des plantes assimilant la sève au sang ; un article De la structure des cheveux et de leur végétation mais aussi un Traité du mouvement des eaux et autres corps fluides et des études sur la théorie musicale.
Dans son Traité des couleurs de 1681, il parle de la couleur des prunes et des raisins quand ils sont mûrs et qui disparaît quand on les touche ; et du corail qui perd sa rougeur étant mis auprès du feu ou lorsqu’on le laisse tremper quelque temps dans du jus de citron.
Le Journal des sçavans du 2 février 1682, propose cette expérience de Mariotte : « quand on verse deux ou trois gouttes d’huile de tartre dans un demy-verre de très beau vin rouge, il perd sa couleur rouge, devient opaque et jaunâtre comme le vin poussé et corrompu ; mais si on verse ensuite deux ou trois gouttes d’esprit de souphre qui est un fort acide, ce mesme vin reprend entièrement sa belle couleur rouge ; d’où l’on voit la raison pourquoy on fait brûler du souphre dans les tonneaux pour mieux conserver le vin ».
Membre de la nouvelle Académie royale des sciences vraisemblablement dès 1666, il donna des communications sur des sujets mathématiques comme : « Propriété de la parabole » en 1668, ou « Sur des problèmes d’arithmétique » en 1680, mais aussi, la même année, un « Discours touchant les mascarets de la Garonne » et « Un rapport d’expériences d’optique sur la décomposition de la lumière à travers une loupe ou un prisme ». Mariotte est mort à Paris sans doute le 12 mai 1684.
Bibliographie quasi complète dans Mariotte savant et philosophe : analyse d’une renommée / Centre Alexandre Koyré, Vrin, 1986, 336 p. (« Histoire des sciences. Textes et études »).