Lorsque sa situation le lui permet, Jean-Baptiste Colbert entreprend une vaste campagne d’achats de terres et seigneuries parmi lesquelles se trouve la baronnie de Seignelay, en 1656. Dès 1658, le futur contrôleur général des finances de Louis XIV fit réparer le château (aujourd’hui disparu), dessiner des jardins et clore le parc de sorte que le lieu puisse accueillir sa famille et des hôtes illustres, parmi lesquels a figuré Louis XIV en 1683.
Colbert choisit d’accoler Seignelay à son nom et obtient, en avril 1668, l’érection de la baronnie en marquisat-pairie. La petite ville devint le fief sur lequel s’appuie la renommée familiale : Jean-Baptiste Colbert, son fils et son petit-fils en ont porté le titre. Jean-Baptiste Colbert et son fils aîné ayant été secrétaires d’État à la Marine, le nom de Seignelay fut donné à plusieurs rivières d’Amérique du Nord, et à un croiseur à la fin du XIXe siècle.
À l’occasion de l’érection du marquisat-pairie, Seignelay devint une petite capitale administrative : elle fut dotée d’un tribunal royal (un bailliage) ayant autorité sur 22 paroisses ou hameaux (qui relevaient jusque là de Villeneuve-sur-Yonne) et dépendant directement du parlement de Paris. L’auditoire de justice, construit à cette occasion, est aujourd’hui la mairie. Un grenier à sel fut également institué.
Jean-Baptiste Colbert et son fils ont essayé de développer la vie économique de Seignelay en faisant construire des halles pour les quatre foires annuelles et le marché du jeudi, en améliorant les chemins et en installant au Petit Moneteau le port d’Auxerre. Ils obtinrent la création de haras et surtout de plusieurs manufactures royales textiles dont la plus importante fut celle de serges de laine à la façon de « Londres ». Seignelay aurait compté alors 2 000 habitants.
À Seignelay, comme à Richelieu, la présence d’un seigneur très influent devait se manifester dans le développement du lieu dont il a pris le nom, mais dans les deux cas, cette fortune a été éphémère, laissant seulement des traces, bien discrètes à Seignelay, dans le paysage.
Waast-Barthélemy Henry, Mémoires historiques sur la ville de Seignelay…, 2 vol. Auxerre, Gallot, 1853 ; - Henri Villetard, « Colbertina » : le tricentenaire de Colbert à Seignelay, Picard, 1921 ; - ID., « Colbert paroissien et châtelain de Seignelay », Bulletin de la Société des sciences historiques et naturelles de l’Yonne, t. 92, fasc. 2, 1938, p. 133-149 ; - Laurent Dingli, Colbert, marquis de Seignelay, le fils flamboyant, Perrin, 1997, 392 p., ill.