Né en 1563 à Moulins-Engilbert (Nièvre), il embrasse la carrière ecclésiastique. Curé de Nolay, puis de Chaluzy vers 1595, il devient chanoine de Nevers et archiprêtre. L’histoire était pour lui source d’un « contentement incroyable ». Il a rédigé un Catalogue historial des Evesques de Nevers (1616) qui manque toutefois de sens critique.
Il a également laissé une description précise et animée des obsèques d’Arnaud Sorbin, évêque de Nevers de 1578 à sa mort (1606) ainsi que le cérémonial de l’entrée à Nevers de Mgr Eustache Dulys en décembre 1606. M. Cotignon fut le secrétaire de ces deux évêques. L’abbé Charrier a publié intégralement ces deux récits (utilisés au XVIIIe siècle par l’historien A.-J. Parmentier), qui donnent « sur les autorités locales, la situation des rues et des monuments, les mœurs des habitants et les questions d’étiquettes des détails assez piquants » (R. de Lespinasse). Michel Cotignon meurt à Paris en 1617 et aurait été inhumé dans le chœur de l’église Saint-Séverin.
Guy Coquille et les auteurs nivernais du 16e s., exposition, BM Nevers, 2003, catalogue Guy Thuillier, Nevers, Société académique du Nivernais, 2003, p. 66 ; - Adam Billaut et les auteurs nivernais du 17e s, exposition, ibid, 2002, catalogue Guy Thuillier, ibid, 2002, p. 8 ; - Jules Charrier, « Deux documents », Bulletin de la Société nivernaise des lettres, sciences et arts, t. 25, 1914, p. 1-24 (cérémonial obsèques Mgr Sorbin et entrée Mgr Dulys, 1606).