C’est le 4 mars 1566 qu’est célébré ce mariage, résultat de stratégies politiques de la monarchie, qui fait du Nivernais une province proche de la Cour. Henriette de Clèves (1542-1601), fille de François de Clèves (dont le roi érige en 1539 le comté de Nevers en duché-pairie) est intelligente, lettrée. Elle devient duchesse de Nevers à la suite de la mort de ses frères François (1663) et Jacques (1664) et possède également la baronnie de Donzy, les comtés d’Eu, de Rethel et d’autres biens. Louis de Gonzague (1539-1595), fils cadet du duc de Mantoue, a été élevé à la cour du roi de France qui lui porte une attention particulière ; il est naturalisé français en 1550. Doué de qualités politiques remarquables, c’est aussi un soldat valeureux.
Leur union fait d’eux des princes puissants, disposant d’une très importante fortune mobilière ; ils font construire à Paris l’hôtel de Nevers (à partir de 1575).
Le roi confirme dès 1566 pour Louis de Gonzague la continuation de la pairie de Nevers et, dans ces temps troublés où la Réforme a ses adeptes en Nivernais, le duc choisit de rester fidèle au roi. Il est membre du conseil royal et militaire, le roi le nomme gouverneur du Nivernais (1569) ; le duc représente donc directement le roi dans la province dans un temps où s’affirme l’autorité monarchique. « Cette maison noble participe largement… au fonction-nement de l’État monarchique, plus généralement à l’ordre social, politique et religieux dominé par le souverain » (A. Boltanski), entretenant tout un réseau de relations héréditaires ou familiales et de nouveaux protégés.
Nevers reste la capitale administrative et judiciaire du duché qui conserve (jusqu’à la révolution) ses institutions particulières : chambre des comptes, bailliage, maîtrise des eaux et forêts. Le juriste Guy Coquille est procureur général du duché (1571). Leur administration a marqué le duché : règlement des finances, des fiefs, des offices (1580), réformation des forêts par Jean Bodin de Montguichet (1580-1585), fondation du collège des Jésuites, institutions de bienfaisance (notamment fondation « des filles aumônées », 1572), attention portée aux verriers, faïenciers, imprimeurs, sans oublier l’influence de leurs « maison » et officiers. C’est d’ailleurs à la cathédrale de Nevers qu’ils ont choisi d’être inhumés.
Ariane Boltanski, Les ducs de Nevers et l’État royal : genèse d’un compromis (ca 1550-ca 1600), Droz, 2006 (« Travaux d’humanisme et renaissance », 419) ; - Katie Brzutowski, Les institutions et les officiers du duché-pairie de Nivernais (&539-1790), T=thèse, École nationale des chartes, 1997 ; - André Leguai et Jean-Bernard Charrier (dir.), Histoire du Nivernais, Ed. univ. Dijon, 1999.